Osnivač fonda je Federacija BiH.

Fond je javne ustanova. koja djeluje u skladu sa propisima koji regulišu rad ustanova , ima svojstvo pravnog lica s javnim ovlastima, pravima, obavezama i odgovornostima utvrđenim ovim zakonom.

Upravni odbor se sastoji od pet članova koje imenuje i razrješava Vlada Federacije. Predsjednik i članovi Upravnog odbora moraju imati sedmi stepen stručne, spreme, odnosno visoko obrazovanje prvog ciklusa, koje se vrednuje sa 240 ECTS bodova, koji imaju najmanje petogodišnje iskustvo za jedno od sljedećih oblasti: zaštite okoliša, energetike, javnih financija i upravljanja vodama. Upravni odbor se imenuje za period od četiri godine.

U Upravni odbor Fonda na prijedlog resornih ministarstava Vlada Federacije imenuje:

- 2 predstavnika Federalnog ministarstva okoliša i turizma;
- 1 predstavnika Federalnog ministarstva energetike, rudarstva i industrije;
- 1 predstavnika Federalnog ministarstva prostornog uređenja i
- 1 predstavnika Federalnog ministarstva poljoprivrede, vodoprivrede i šumarstva.

Nadzor nad radom Fonda vrši Nadzorni odbor. Nadzorni odbor se sastoji od tri člana. Predsjednika i članove Nadzornog odbora imenuje i razrješava Vlada Federacije Bosne i Hercegovine na osnovu prijedloga Federalnog ministarstva okoliša i turizma.
Predsjednik i članovi Nadzornog odbora se imenuju na period od četiri godine, i može im se jednom produljiti mandat.

Upravljanje Fondom koje direktor. Direktor predstavlja Fond, a imenuje ga i razrješava Vlada Federacija. Direktor se bira na osnovu javnog konkursa, objavljenog u najmanje dva dnevna lista koja pokrivaju cijelo područje Federacije, za razdoblje od četiri godine. Za direktora Fonda imenuje se lice sa visokom stručnom spremom, koji ima sedmi stepen stručne, spreme, odnosno visoko obrazovanje prvog ciklusa, koje se vrednuje sa 240 ECTS bodova i najmanje petogodišnje iskustvo u finansijskom poslovanju i poznavanju okolišnog menadžmenta.

Fond je dužan i da uspostavi registar obveznika i plaćanja naknada.

Sredstva od naknade za zagađivače okoliša, naknade za korisnike okoliša, posebne naknade za okoliš koja se plaća pri registraciji automobila prikupljaju se i raspodjeljuju u odnosu 30% na osnovni račun Fonda a 70% na podračune Fonda za kantone u skladu s udjelom plaćene naknade na području pojedinih kantona.
Sredstva od opće i posebne vodne naknade, u iznosu definisanim Zakonom o vodama, prikupljaju se i raspodjeljuju se na osnovni račun Fonda. Sredstva od naknade za opterećenje okoliša otpadom prikupljaju se na osnovni račun Fonda i troše u skladu sa akcionim planom Federalne strategije zaštite okoliša, Federalnim planom upravljanja otpadom, i drugim planovima donesenim u skladu sa Zakonu o upravljanju otpadom i njegovim provedbenih propisa.
Sredstva fonda se smiju koristiti isključivo za finansiranje zaštite okoliša, poboljšanje energetske efikasnosti i korištenja obnovljivih izvora energije. Sredstva se moraju dodjeljivati putem javnog konkursa.

Rad Fonda mora biti javan i Fond mora da Vladi Federacije podnese izvještaj o radu svake godine.

Kazne za obveznike koji ne uplaćuju naknade ili sredstva su od 1.000 do 10.000 KM za pravna lica, 500 do 3.000 KM za odgovorne osobe u pravnim licima i od 50 do 500 KM za fizička lica.

Ukoliko Fond ne uspostavi Registar korisnika plaćanja naknada kažnjava se kaznom od 1.000 do 10.000 KM, a odgovorno lice u fondu kažnjava se sa 500 do 3.000 KM.

Ukoliko Fond o svom radu ne izvještava javnost ili ne pruža informacije ovlaštenim tijelima, kažnjava se sa 1.000 do 10.000 KM.

Za kašnjenje uplata kantonima, Fond se kažnjava u iznosu od 3.000 do 15.000 KM, a odgovorno lice u Fondu u iznosu od 500 do 3.000 KM.

Novčanom kaznom od 1.000 KM do 10.000KM kaznit će se obaveznik plaćanja ako ne prijavi statusnu promjenu ili promjenu djelatnosti u propisanom roku, a odgovorno lice u ovakvom pravnom licu kaznom od 500 do 2.000 KM.