Kada je riječ o samom postupku provođenja odluka, u glavi III regulisan je postupak provođenja odluka Ustavnog suda BiH. Ovdje su prije svega obuhvaćene apelacione odluke Ustavnog suda BiH, i radi se o odlukama po kojima postoji obaveza preduzimanja pojedinačnih mjera kao što su: ponovno odlučivanje o pravu apelanta, isplata određenog novčanog iznosa na ime povrede prava apelanta i dr. S druge strane, ako iz odluka proizilazi obaveza usklađivanja zakonodavstva sa Ustavom BiH ili Evropskom konvencijom o zaštiti ljudskih prava i osnovnih sloboda u taj proces izvršenja uključen je veći broj organa i institucija od resornih ministarstava pa do Vlade i Parlamenta FBiH, pa je bilo neophodno propisati način postupanja sa obuhvaćenim mjerama za izvršenje, sa rokovima i nosiocima pojedinih obaveza da bi odluka bila izvršna u roku koji je naložen u odluci i sl.

U glavi IV propisan je postupak izvršenja dvije vrste odluka koje donosi Ustavni sud FBiH i to: odluke o ocjeni ustavnosti federalnih zakona i odluke kojim se utvrđuje povreda prava na lokalnu samoupravu u vezi sa federalnim zakonima. U ovom slučaju, jedna od strana u ovim postupcima je uvijek Parlament FBiH, i bilo je neophodno precizirati put postupanja sa dostavljenim odlukama od Parlamenta FBiH prema Vladi FBiH, i Vlade FBiH prema organima zaduženim za pripremu mjera sa rokovima i nosiocima pojedinih aktivnostima za izvršenje odluka. U slučaju neizvršenja odluka u roku ili odbijanja izvršenja, Vlada FBiH će ovlastiti drugo tijelo za pripremu odgovarajućeg materijala i zadužit će Federalno pravobranilaštvo da pokrene postupak utvrđivanja odgovornosti u skladu sa odredbama Zakona o krivičnom postupku FBiH.

Nadalje, u Glavi V regulisan je postupak sa odlukama Evropskog suda za ljudska prava. Slično odlukama Ustavnog suda BiH i odlukama Evropskog suda kojim se rješavaju pitanja povrede pojedinačnih prava aplikanata zaštićenih Konvencijom, može se naložiti preduzimanje pojedinačnih mjera za otklanjanje utvrđenih kršenja prava ili nalaganje preduzimanja generalnih mjera za prevenciju povrede prava i sl. U svim fazama izvršenja odluka i mjera koje se preduzimaju, kontinuirano se obavještava Ured zastupnika radi redovnog podnošenja izvještaja Komitetu ministara Vijeća Evrope.

Zakonom je predviđena i obaveza obavještavanja Parlamenta FBiH o stanju izvršenja odluka na koje se odnosi ovaj zakon.